1917년 창설돼 1925년부터 도쿄6대학리그에 가입했다. 시작부터 고전했다. 타 대학 선수들은 5~6년 학생 신분을 유지할 수 있었다. 하지만 도쿄대 야구부원은 본과 과정 3년을 선수로서 보낼 수 있다. 전력 손해가 많았다. 하지만 도쿄대 역사상 최고 투수로 꼽히는 아즈마 타케오와 포수 시미즈 겐타로의 활약으로 타 팀과 어느정도 균형을 맞출 수 있었다.
도쿄대에는 체육 특기생 제도가 없다. 야구부원은 대부분 고교까지 학업과 고교야구 선수 생활을 병행했다. 대체로 중학생까지는 주니어, 시니어 클럽에서 야구를 한다. '진학교'명문 인문계 고교로 주로 진학해 야구부에 입부한다. 고교 3학년 여름부터는 본격적으로 수험 준비에 들어간다. 신입생 중 재수생 비율이 높은 점은 타 대학 야구부와 차이다. 도쿄대 입시가 워낙 어렵기 때문이다.
현재 도쿄대 야구부원은 모루 76명. 에이스 미야다이 고헤이처럼 고교 시절 지역 8강 이상을 경험한 선수도 여럿이다. 지금까지 도쿄대가 배출한 프로야구 선수는 1965년 니하라 신지부터 모두 5명이다. 포지션은 모두 투수였다.
만년 약체지만 도쿄대 야구부도 우승할 뻔한 적이 있었다. 2차 대전 종전 뒤인 1946년 춘계리그가 처음이자 마지막 기회였다. '두 번은 없을 기적'으로 불리는 4연승을 거뒀지만 최종 게이오대전에서 0-1로 석패했다. 이후 도쿄대는 한 번도 6대학리그 3위 이내에 든 적이 없다.
6대학리그의 순위 결정 기준인 '승점'은 2002년 릿쿄대 상대 이후 14년 간 전무하다. 그러니 36시즌 연속으로 리그 최하위를 마크하고 있다. 하지만 1960년 춘계리그에서 와세다대에게 우승을 좌절시키는 1승을 따내는 등 '최대 변수'로 꼽힌다. 도쿄대에게 당한 1패는 타 대학에게 큰 타격이다. 그래서 상대 팀들은 도쿄대전에 베스트 멤버를 출전시킨다.
뒷날 요미우리 자이언츠의 에이스가 되는 에가와 스구루는 1974년 추계리그에서 호세이대 입학 이후 첫 패배를 당했다. '괴물' 에가와에게 첫 패배를 안긴 팀이 바로 도쿄대였다. 2010년 추계리그에선 전승 가도를 달리던 와세다대의 '손수건 왕자' 사이토 유키에게 첫 패배를 안겼다. 그리고 2015년 5월 23일 호세이대전까지 장장 4년 7개월 동안 1승도 거두지 못하고 94연패를 당했다. 그래서 2011년 입부한 도쿄대 야구부원은 '비운의 세대'로 불린다. 도쿄대 역사상 유일하게 1승도 못하고 졸업했기 때문이다.
에이스 미야다이를 앞세운 올해는 '21세기 이후 최강 전력'으로 평가받는다. 전력이 약화된 호세이대를 제치고 숙원인 최하위 탈출을 이룰 가능성도 있다.