고인은 21일 오후 4시께 눈을 감았다. 유족으로는 매니저 겸 아내 주길자 여사와 딸이 있다. 장례식은 코미디협회장으로 치러지고 빈소는 서울삼성병원에 마련된다.
엄용수 코미디협회장은 "현존하는 코미디언 중 공연예술, 극장쇼, 악극단 무대에서 관객 웃기는 걸로 대한민국 당대 최고였다. 모창도 잘하고 창도 잘하고 타령도 잘하고 뭐든지 다 잘했다. 전성기 시절 CF와 영화를 독식하던 분이다. 원맨쇼에 특화된, 독창적인 무대의 소유자였다"고 그를 기억했다.
1963년 영화인협회가 주최한 '스타탄생 코미디'에서 1위로 연예계 데뷔한 故남보원은 백남봉과 '투맨쇼'로 전성기를 누렸다. 2010년 후배인 백남봉이 먼저 눈을 감았을 때, 남보원은 사흘간 빈소를 찾아 "하늘에서 다시 만나 쇼를 하자"고 안타까워했다.
남보원의 타계에 추모 물결이 이어지고 있다. 엄용수는 "후배들이 존경하는 선배였다. 명복을 빈다"고 비통한 심경을 전했다. 김준호 등 후배 개그맨들도 소식을 접하고 빈소를 찾아간다는 계획이다. 네티즌들도 운명을 달리한 남보원을 애도했다.
고인은 전 예총예술문화상 연예부문(1996), 대한민국연예예술상 대상 화관문화훈장(2007), 대한민국 신창조인 대상 행복한사회만들기 부문(2015), 제7회 대한민국 대중문화예술상 은관문화훈장(2016)을 받았다.