대신고-경희대 출신의 윤준성은 2012 시즌 포항스틸러스를 통해 프로 무대에 데뷔했다. 2015 시즌 대전시티즌으로 이적한 그는 군복무를 위해 상주상무를 거친 뒤 다시 대전으로 돌아와 2018 시즌까지 팀의 주축 수비수로 활약했다. 2019 시즌 수원FC로 팀을 옮겼던 그는 2020 시즌 태국 1부리그 나콘랏차시마FC를 통해 해외 생활을 경험했고, 2021 시즌 안양에 합류해 두 시즌 동안 활약했다. K리그 통산 기록은 107경기 1골 1도움.
지난 2021년 안양에 합류한 윤준성은 두 시즌 동안 활약하며 FC안양이 K리그2 플레이오프와 승강 플레이오프에 진출하는데 기여했다. 우수한 신체조건을 바탕으로 한 제공권 능력, 대인마크 능력 등 장점을 두루 갖춘 수비수이기 때문에 안양은 그와의 재계약을 주저하지 않았다.
FC안양과 재계약을 마친 윤준성은 “제 축구 인생의 고향이라 할 수 있는 안양에서 다시 한 번 뛸 수 있도록 기회를 주신 이우형 감독님과 코칭스태프를 비롯해 구단 관계자 분들에게 감사를 전한다. 부끄럽지 않은 선수가 될 수 있도록 항상 솔선수범하고 모범이 되는 모습을 보이겠다”라며 “항상 내 위치에서 최선을 다하고, 팀에 어떻게든 도움이 될 수 있도록 노력하는 선수가 되겠다”고 소감을 밝혔다.